V človeškem telesu se nahaja okoli 37 triljonov celic, 22.000 genov, in 100 triljonov celic različnih mikroorganizmov. Razumevanje mikroorganizmov v našem telesu je kritično za razumevanje človeških bioloških odgovorov, vse od dovzetnosti za infekcijska obolenja, kroničnih bolezni, debelosti in celo našega vedenja in možganov. Mikroorganizmi so povezani v komplesno skupnost, ki ji pravimo človeški mikrobiom. Mogoče ste že slišali za izraz črevesna flora ali mikroflora. Bolj pravilen izraz je mikrobiom, saj gre za skupek organizmov in ne rastlin. Mikrobiom vsebuje 10 na trinajsto do 10 na 14 mikroorganizmov iz 1000 različnih bakterijskih vrst. Tvorijo ga bakterije skupaj s še nekaterimi preostalimi mikroorganizmi kot so glive, virusi ipd.
Največ bakterij se nahaja v črevesju in so izredno pomembne za naše vsesplošno zdravje. Intestinalni mikroorganizmi so sicer naseljeni po celotnem prebavnem traktu, vendar v manjšem številu v ustih, želodcu in tankem črevesju, zaradi agresivnih vplivov kislin in prebavnih encimov. Spodnji del tankega črevesja naseljujejo predvsem aerobne bakterije,v debelem črevesju pa najdemo anaerobne bakterije. Največ bakterij se tako nahaja v zadnjem delu debelega črevesja.
Splošno znano je, da bakterije v našem črevesju pomagajo pri prebavi, vendar pa ima mikrobiom tudi svoje lastne metabolne aktivnosti kot so zmožnost pridobivanja energije iz dietarnih polisaharidov, ki so drugače za nas neprebavljivi. Bakterije namreč fermentirajo dietarne prehranske vlaknine, iz katerih nastanejo kratko verižne maščobne kisline, posebej butirat, ki je pomemben za zdravje črevesja, saj je primarni vir energije za črevesne celice in ima antikancerogene in antivnetne lastnosti. Črevesne bakterije prav tako igrajo pomembno vlogo pri sintezi vitamina B in K, kot tudi pri metabolizmu sterolov, žolčnih kislin ipd. Torej mikrobiom deluje kot nekakšen endokrini organ, ki ima svoje metabolne funkcije, imel pa naj bi tudi vpliv na naše vedenje in možgane. Bakterije namreč producirajo nevrotransmitorje in nevromodulatorje, kateri lahko vplivajo na gibanje in občutljivost črevesja. To povezavo je moč označiti kot “os mikrobiom-črevesje-možgani”, povezava pa je dvosmerna in bakterije naj bi imele vpliv na naše možgane. Mikroorganizmi in mikrobiom vplivajo tudi na razvoj rakavih obolenj in sicer se v črevesju nahaja velik del imunskega sistema, zdrav imunski sistem pa se lahko bori proti rakavim celicam, prav tako pa zdrave črevesne bakterije sprožijo spontano smrt rakastih celic.